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A Marseille 10 000 profils ADN devront être analysés cette année. Seulement entre 10% et 20% des traitements sont consacrés aux enquêtes ou aux demandes d’expertise. Le reste servira à alimenter les fichiers du FNAEG. Cette surcharge de travail entraîne un sérieux retard dans le traitement des empreintes génétiques. Ainsi, il faut 143 jours au laboratoire de Marseille pour délivrer une analyse de traces ADN qui ne prend d’habitude que 12 heures.
Pour ne pas prendre trop de retard la police scientifique sous-traite environ 35% (d’après la chancellerie) des fichiers destinés aux FNEG avec des laboratoires privés, plus pratiques, mais plus chers. En moyenne, un profil génétique dans un laboratoire privé coûte 350 euros, contre près de 100 euros pour un laboratoire de la police scientifique.

L’objectif du FNAEG est d’atteindre à terme entre 600.000 et 700.000 empreintes. Avec 40.000 profils à traiter par an, les laboratoires de la police devront prendre leur mal en patience, ils risquent d'être débordés pendant encore plusieurs années.